Открыть engine/modules/show.short.php и найти:
while($row = $db->get_row($sql_result)){

заменить на:
//###################################
// Баннеры между новостями by Hamer ( www.getdle.ru )
// Copyright (c) 2008, Age-Web Media Group
//###################################

$news_limit = 2; // через какое кол-во новостей показывать баннер ?

/*
-= Подсказка =-
-----------------------------------------------------------
В массив который ниже вписывайте html коды баннеров
Одинарные кавычки ( ' ) экранизируйте слэшами ( ) чтобы получилось так ( ' )
* () - лишнее
------------------------------------------------------------

| дальше нечего не трогайте!
*/
$banners = array('Banner1','banner2');

/*
-=Пример=-
----------------------------
$banners = array('','');
----------------------------
*/

//оригинальный код движка //
while($row = $db->get_row($sql_result)){
//оригинальный код движка //

//опять мой код
if ( $news_limit set('{banner}',$banners[mt_rand(0,count($banners)-1)]);
$banner_counter = 0;
} else $tpl->set('{banner}',"");
if ( $news_limit > 2 ) $banner_counter++;
//конец моего кода
//####################################

Открыть templates/ваш_шаб/shortstory.tpl и в конец файла добавить
{banner}